Основными органами Совета Европы являются Комитет министров, Парламентская ассамблея, Конгресс местных и региональных властей, Конференция международных НПО, Европейский суд по правам человека, институт Комиссара по правам человека и глава Совета Европы, Генеральный секретарь.

Для более детальной проработки отдельных приоритетных направлений, в Совете Европы созданы экспертные группы, например, такие как Европейская комиссия против расизма и нетерпимости или Европейский комитет по предупреждению пыток. Подобные экспертные группы созданы на законодательной основе, с помощью конвенций и протоколов, которые в качестве обязательств принимают на себя страны-члены СЕ. Так, на основании Европейской социальной хартии основана деятельность её контрольного органа, Европейского комитета по защите социальных прав. Работают также экспертные группы на основании Европейской хартии региональных и миноритарных языков и на основании Рамочной конвенции по защите национальных меньшинств.

Кроме того, государства, состоящие в Совете Европы, могут также входить в так называемые Частичные соглашения, которые оформляются в отдельные структурные подразделения для группы подписавших подобное соглашение стран. В «Расширенных частичных соглашениях» могут также участвовать страны, не состоящие в составе Совета Европы.